Ο Ναός ανηγέρθει εκ βάθρων το 1894 σε σχέδια του Ερνέτσου Τσίλλερ.

Ο πάνσεπτος Ιερός Ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου, όπως φαίνεται στο κτηματολόγιο της Βοστίτσας, το οποίο έκανε το 1690 ο Ενετός μηχανικός Φ.
Βαντάϊκ, αναφέρεται υπό το όνομα «Παναγία η Ξένη»,1 ίσως επειδή ήταν η πρώτη εκκλησία που συναντούσαν οι ξένοι επισκέπτες του Αιγίου κατά την είσοδο τους στην πόλη από το λιμάνι. Ήταν, επομένως, η προστάτιδα των Ξένων.2 Η εκκλησία αναφέρεται επίσης, από τον Γάλλο περιηγητή Πουκεβίλ κατά την επίσκεψή του στο Αίγιο, το έτος 1815.

Σύμφωνα, μάλιστα, με τις ιστορικές πηγές ο Ναός αυτός διαδέχτηκε αρχαίο ναό με άγαλμα και άλσος αφιερωμένο στην Ήρα3 ή στον Δία4, που γειτόνευε με θέατρο, πλησίον της αγοράς της πόλης. Η άποψη αυτή ενισχύεται ακόμη περισσότερο από το πόρισμα της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, σύμφωνα με το οποίο στην οδό Ναυαρίνου, πίσω από την σημερινή Εκκλησία των Εισοδίων, σε φυσική αμφιθεατρική τοποθεσία βρέθηκαν ερείπια, μάλλον θεάτρου.

Η Εκκλησία αυτή (Παναγία η Ξένη) έπαθε μεγάλες ζημιές στο σεισμό του 1861 και επί τριάντα, σχεδόν, χρόνια στεγαζόταν και λειτουργούσε σε παρακείμενο παράπηγμα. Για την ξύλινη αυτή Εκκλησία των Εισοδίων της Θεοτόκου, «το παράπηγμα», ο περιηγητής Σαλβαδόρ, που πέρασε από το Αίγιο πριν το 1876, γράφει ότι παρατήρησε: «…στο εμπρόσθιο μέρος του Ναού μια EMPORE και το καγκελωτό γυναικωνίτη», όπως ακριβώς και στο Ναό της Φανερωμένης. Η εντοιχισμένη επιγραφή, που βρίσκεται στο δεξιό μέρος της κύριας εισόδου της Εκκλησίας αναφέρει: «ΙΣ 1894 ΧΡ. ΑΝΕΚΑΙΝΙΣΘΗ ΕΚ ΒΑΘΡΩΝ Ο ΘΕΙΟΣ ΟΥΤΟΣ ΝΑΟΣ ΤΩΝ ΕΙΣΟΔΙΩΝ ΤΗΣ ΘΕΟΤΟΚΟΥ. ΕΝ ΕΤΕΙ 1894». Η ανακαίνιση έγινε σε σχέδιο του Γερμανού αρχιτέκτονα Ερνέστου Τσίλλερ, με έξοδα των ενοριτών και ιδιαίτερα του πλούσιου ενορίτη Ξενοφώντα Σταυρουλόπουλου, ο οποίος προέβη στην δωρεά ως ευχαριστία στην Παναγία, για την διάσωση του γιού του Σπυρίδωνα, που είχε απαχθεί από τον τότε διαβόητο ληστή Πανόπουλο.

Στην αριστερή πλευρά της εισόδου του Ναού υπάρχει άλλη επιγραφή, χαραγμένη πάνω σε μαρμάρινη πλάκα, που αναφέρει: «1894 ΩΣ ΦΟΒΕΡΟΣ Ο ΤΟ / ΠΟΣ ΟΥΤΟΣ ΟΥΚ ΕΣΤΙ / ΤΟΥΤΟ ΑΛΛΗ ΟΙΚΟΣ / ΘΕΟΥ ΚΑΙ ΑΥΤΗ / ΠΥΛΗ ΤΟΥ ΟΥΡΑΝΟΥ». Το κείμενο αυτό είναι ειλημμένο από τη Γένεση (28, 17) και το όραμα της Βαθήλ στον Ιακώβ. Η χρησιμοποίηση του βιβλικού χωρίου στις εισόδους των Εκκλησιών δηλώνει την ιερότητα του χώρου. O Nαός σήμερα είναι χαρακτηρισμένο μεταβυζαντινό μνημείο από το 19825.

Το 1995 ο Ναός υπέστη σοβαρότατες ζημιές με κίνδυνο ακόμα και την ολική κατάρρευσή του από τον καταστροφικό σεισμό, που έγινε στην πόλη του Αιγίου.
Επί σειρά ετών (1995-2021) παραμένει κλειστός και ανενεργός περιβαλλόμενος από προστατευτικές σκαλωσιές, μέχρις ότου ο ευσεβής και
φιλάνθρωπος κ. Αθανάσιος Μαρτίνος, δι’ ενεργειών του Μητροπολίτου Πρώην Καλαβρύτων και Αιγιαλείας, κ. Αμβροσίου, προσφέρθηκε να καταβάλει όλο το ποσό (κόστος) αποκατάστασης (8.000.000 €). Στο διάστημα αυτό ο Ναός επί 30 συναπτά έτη λειτουργεί σε υπόγειο γειτονικό κτίριο, στοιχειωδώς διαμορφωμένο, για την κάλυψη των λειτουργικών αναγκών των πιστών.